人体中的碘 80%以上来自食物，10%-20%来自饮水，0-5%来自空气。膳食和水中的碘主要为无机碘化物，经口进入人体后，在胃及小肠上段被迅速、完全吸收（一般在进入胃肠道后 1 小时内大部分吸收，3 小时内几乎完全被吸收）。食物中的有机碘一部分可直接吸收，另一部分则需在消化道转化为无机碘后，才可吸收。与氨基酸结合的碘可直接被吸收，而同脂肪酸结合的有机碘可不经肝脏，由乳糜管进入血液循环再利用。肺、皮肤及粘膜也可吸收极微量的碘。

血碘被甲状腺摄取后，在甲状腺滤泡上皮细胞内生成甲状腺激素。甲状腺激素中的碘在脱碘酶的作用下脱落成为碘离子，还可重新被甲状腺摄取作为合成甲状腺激素的原料。

正常情况下，人体内约 90%的碘通过肾脏从尿中排出；10%左右的碘通过唾液腺、胃腺分泌及胆汁等排泄，最后从粪便排出；剩余的少量碘通过皮肤汗液、毛发及肺呼吸排出。通过乳汁排出的碘，对母体向婴儿供碘有重要的作用，使母乳喂养的婴儿能得到所需碘。乳汁中含碘量为血浆的 2-3 倍，母体哺乳会消耗体内较多的碘。一旦停止碘摄入,人体内储备的碘仅够维持2-3个月。所以,补碘要遵循长期、微量、日常和生活化原则。在非高碘地区,市民仍需要通过食用加碘食盐来补充碘元素来维持生理需要。