疾病潜伏期（从获得感染到出现症状的时间间隔）从2天到21天不等。

        由马尔堡病毒引起的疾病起病急，伴有高烧、剧烈头痛以及严重不适。肌肉酸痛属于常见特征。可在第三天开始出现严重水样腹泻、腹痛和抽筋、恶心及呕吐。腹泻可持续一周。处于这一阶段的患者外表被描述为“魔鬼样”特征，眼窝深陷，面无表情并且极度嗜睡。在1967年的欧洲疫情中，大多数病人在出现症状后2至7天出现不发痒的皮疹。

        许多患者在5天至7天内出现严重出血表现，致命性病例通常会有某种形式的出血，经常是多个部位出血。呕吐物和粪便中带有鲜血，通常伴有鼻腔、牙龈和阴道出血。静脉穿刺部位（从静脉获取体液或者血液样本）的自发性出血可能特别棘手。在重病阶段，病人会有持续性高烧。累及中枢神经系统时可能会出现错乱、易怒以及攻击行为。在疾病晚期（第15天）偶尔具有出现睾丸炎的报道。

        在致命病例中，死亡最常发生在症状出现之后的第8天至第9天，一般在此之前会出现严重失血和休克。