1月，中心成立信访工作领导小组。

        1月，中心为艾滋病实验室配备的美国BD公司生产的流式细胞仪（BD Facscalibur），正式投入使用。

        2月，烟卫党[2009]1号文，接烟组任[2008]55号文，市委组织部研究同意：王林同志任中心委员会副书记（列副书记第一位），纪律检查委员会书记。

        2月5日，烟疾控字[2009]7号文决定，成立烟台市预防接种异常反应调查诊断专家组。

        2月5日，烟疾控函字[2009]1号文决定，为推进疾病预防控制工作关口前移，重心下移，中心领导班子成员分别与基层建立联系点。

        2月11日，烟疾控字【2009】9号文决定：成立中心学术委员会。

        2月，在烟台市科协举办的第十二届自然科学优秀学术论文评选中，中心推荐参评的16篇论文中，有2篇获得二等奖、5篇获得三等奖、7篇获得优秀奖。

        2月，中心通过了山东省财政厅、发改委、卫生厅、教育厅、药监局组织专家组对烟台扩大国家免疫规划工作落实情况进行督导。

        2月28日,《中华人民共和国食品安全法》由中华人民共和国第十一届全国人民代表大会常务委员会第七次会议通过，自2009年6月1日起施行。

        3月，中心购置了大型仪器，气-质-质联用仪。 

        3月25日，中心在3.24结核病日宣传活动情况发布在“中国疾病预防控制中心-中国结核病预防控制中心网站”上。

        3月，中心争取到了中国疾控中心营养与食品安全所“全民健康生活方式行动在学校的开展”项目。

        3月,中心实验室全面开展PCR诊断技术。

        3月：全省首台美国安捷伦公司生产的“气相-串联四极杆质谱联用仪（7890A/7000A）”，开始在中心使用。

        4月，中心将麻疹纳入专病管理，实现了麻疹专病管理省市县三级联网。

        4月，中心被山东省卫生厅鲁卫疾控字[2009]（41）号文公布为“艾滋病确证实验室”。成为全省第二家艾滋病确认实验室。

        4月，经国务院批准，卫生部4月30日发布2009年第8号公告，明确将甲型H1N1流感纳入传染病防治法规定管理的乙类传染病，并采取甲类传染病的预防控制措施。

        4月，中心成立甲型H1N1防控领导小组和机动队。

        4月,我市2008～2009年度流感监测工作结束。三所监测医院共监测到流感样病例938例，同期各监测门诊就诊病例总数为38268例，流感样病例占同期监测门诊就诊病例的百分比为2.45。

        4月，中心开展“手足口”病毒的分子生物学检测。

        4月1日，中心开始执行手足口病日报制度。

        5月，中心取得了省卫生厅发放的“放射工作人员个人剂量检测资质”. 

        5月，市卫生局公布了烟台市疾控机构甲型H1N1流感咨询电话。

        5月1日，中心下发了烟卫疾控字[2009]37号文“关于在全市开展甲型H1N1流感病例监测的紧急通知”，明确了甲型H1N1流感病例监测内容及方法、监测对象、监测时间、流行病学监测报告等具体要求。

        5月1日，市委书记、市人大常委会主任孙永春、副市长杨秀慶、秘书长于爱军等一行到中心检查指导甲型H1N1流感防控和应急准备工作。

        5月3日，市卫生局召开全市卫生系统甲型H1N1流感防控工作会议。各县市区有关单位领导170余人参加了会议。

        5月8日，市政府召开全市甲型H1N1流感防控工作会议，安排部署加强甲型H1N1流感防控和爱国卫生工作任务。各县市区有关单位负责人、中央和省属驻烟单位负责人等近90人参加了会议。

        5月21日，中心举办了由各县市区疾控中心主任等负责人参加的甲型H1N1流感防治知识培训、演练班。

        5月，中心流感实验室被卫生部确定为“国家流感监测网络实验室”。

        5月，中心启动了与“WHO/卫生部合作为期三年的CRS监测”项目，前期已调查先天性缺陷儿童20例，采集了母亲血清、儿童血清、尿液、咽拭子标本。

        5月23日至5月24日，中心通过了山东省质量技术监督局委派专家组对实验室资质认定现场监督评审。

        6月，由秦玉君等人进行的“烟台市手足口病流行病学及经济负担调查研究”通过市科技局组织的科技成果鉴定，鉴定结果：该课题研究已达到国内领先水平。科技成果鉴定证书：烟科成鉴字【2009】第57号。

        6月，市卫生局在莱州市召开了全市健康教育与健康促进现场会。

        6月22日,莱阳市发现首例输入性甲型H1N1流感确诊病例。

        6月24日发现第二例输入性甲型H1N1流感确诊病例。

        6月28日与7月1日，以中心王林副书记为队长的中心对口支援北川县医疗卫生队先后进入北川县开展卫生防疫工作。

        7月6日,由中心起草，市卫生局、公安局、民政局联合下发的烟卫疾控    【2009】35号文关于进一步规范使用《死亡医学证明书》和加强死因统计工作的通知，规定了卫生行政部门、公安部门、民政部门职责。

        7月8日,《中华人民共和国食品安全法实施条例》经国务院第73次常务会议通过，自二○○九年七月二十日公布之日起施行。

        7月,烟人【2009】78号文确定，中心为以专业技术岗位的卫生事业单位，主系列专业技术岗位为卫生专业技术岗位。以编制人数170名为基数，共设管理岗位17个，专业技术岗位143个，工勤技术岗位10个。

        7月10日，本市发生第三例输入性甲型H1N1流感确诊病例。

        8月：中心购买美国ABI公司生产的7500荧光定量PCR，开始使用。

        8月，烟人【2009】107号文确定，中心王茂波副主任为烟台市学科（技术）带头人。

        8月25日,烟台市预防医学会第三届会员代表大会在中心召开,大会经民主选举产生了第三届理事会, 常务理事,通过了《烟台市预防医学会章程》、《烟台市预防医学会会费收缴管理办法》。第三届工作委员会组成人员名单,单位会员（58个），聘任名誉会长。

        9月，烟编办【2009】112号文确定，本中心中层领导干部职数增加2名。

        9月，国务院总理温家宝签署第560号国务院令，《公布全民健身条例》。《条例》自2009年10月1日起施行。

        9月14日，鲁东大学发生3例甲型H1N1流感确诊病例。

        9月15日，鲁东大学新增甲型H1N1流感确诊病例13例，该学校甲型H1N1流感确诊病例累计16例。

        9月15日，中心申报的“烟台市戊型病毒性肝炎流行模式及疾病负担研究”列2009年市级科学技术—技术研究与开发—应用技术研究与开发预算科目。

        9月15日，卫生部制定《2009年秋冬季甲型H1N1流感疫苗预防接种指导意见》，确定“甲流”疫苗接种优先考虑的人群为关键岗位的公共服务人员、学生及教师、慢性病患者等，优先考虑的接种地区为疫情较重、人口密集、人口流动性大的地区。 

        9月21日，鲁东大学16例甲型H1N1流感确诊病例中，已有9例治愈出院。

        9月24日，鲁东大学甲型H1N1流感确诊病例中，有13例治愈出院。大部分发热人员解除隔离，学校全面复课。

        9月，中心向社会公布《社会服务承诺制度》、监督投诉电话，接受有关部门及广大市民的监督。

        9月30日，以中心王林副书记为队长的中心对口支援北川县医疗卫生队完成各项卫生防疫工作胜利归来。

        10月，中心被山东省疾病预防控制中心授予2009年山东省中小学校“我爱无烟环境”主题征文活动优秀组织奖，荣誉称号。

        10月19日，中心召开了全市补种乙肝疫苗项目暨风疹和先天性风疹综合征监测合作项目启动会议。

        10月20日，中心组织召开了全市疾控系统甲型H1N1流感防控工作会议。

        10月,中心制定了《烟台市疾病预防控制中心文明服务规范》。

        10月,路基空间法[2009]8号文公布全省中小学校我爱无烟环境主题征文评选结果。中心组织的中小学校我爱无烟环境主题征文，获全省一等奖2人、二等奖4人、三等奖3人。获全国二等奖2人、优秀奖5人。

        11月，朱宏同志被省疾控中心授予“山东省疾病预防控制机构年鉴编辑工作先进个人”荣誉称号。

        11月15日,“烟台民意通”走进市疾控中心 ，水母网“烟台民意通”直播间邀请市民代表走进市疾控中心。

        12月, 市政府召开了全市防治艾滋病工作委员会会议，进一步强化政府承诺，落实部门责任，推动全市防治艾滋病工作任务全面落实。

        12月，中心全年共处置甲型H1N1流感聚集疫情15起，个案调查300余人次。

        12月，中心全年承担的87项疾病监测指标中。脊灰、白喉、流脑继续保持零病例；风疹、麻疹、甲肝、乙肝不同程度下降，风疹降幅最大的近60%；只有流腮较去年增多。

        12月，中心全年引进三个项目，分别是与卫生部/WHO的“先天性风疹综合征”；国家十一.五重大专项-“乙肝低无免疫应答研究”；中国CDC“慢性HBV感染者人群家庭密切接触者免疫预防策略研究”。

        12月，市预防医学会重新办理了“社会团体法人登记证书”、鲁社证字第F1221号、有效期五年；“组织机构代码证”、代码B4771215—2、 有效期四年。

        12月24日，召开全市疾病预防控制系统表彰大会，对全市疾病预防控制工作先进集体（先进单位）、先进个人进行表彰。

        12月，中心首次开展了专业技术人员优秀论文评选工作，有 19名专业技术人员的20篇论文参加评比。评出一等奖2篇、二等奖5篇、三等奖9篇。

        12月,中心团支部进行改选，刘磊任团支部书记、郭培军任生活委员、刘海韵任宣传委员。

        2009年，中心推出手足口病24小时咨询值班电话：6700925、6700933。