5月8日，烟台市人民政府烟政编[2006]1号文确定，在市卫生防疫站、市卫生检疫站的基础上，合并组建烟台市疾病预防控制中心，为市卫生局领导的正处级事业单位，经费实行全额预算管理，编制150名，可配备主任1名、副主任4名。原烟台市卫生防疫站、烟台市卫生检疫站名称和建制级别不在保留。市疾病预防控制中心承担原市卫生防疫站承担的疾病预防控制等职能、市卫生检疫站承担的船舶卫生检疫等职能、市北海医院承担的结核病预防控制职能、市职业病防治院承担的职业卫生监测职能。

       6月16日：烟编办【2006】58号文决定：烟台市疾病预防控制中心内部机构设办公室、政工科、行政财务科、传染病防制科、结核病防制科、免疫预防科、艾滋病防制科、健康教育科（对外挂烟台市健康教育所牌子）、地方病慢性非传染病防制科、职业卫生与辐射防护科、消毒与病媒生防制科、公共卫生监测与评价科、食品营养与学生保健科、卫生检验科、预防保健科；中层领导干部职数32名。

       10月25日，原烟台市卫生防疫站由原来的办公地址（芝罘区西南河路301号）搬迁至莱山区府后路17号（市疾病预防控制中心大楼）。

10月27日，中心办公大楼正式启用。

       11月12日，卫生监督和疾病预防控制体制改革结束。烟台市疾病预防控制中心正式成立，对外办公。

       11月28日，市政协委员来我站视察两个体系建设。市政协主席栾秉良、副市长田明宝等近70位领导、政协委员来我站视察疾病预防控制体系建设情况。张建伟站长向委员们汇报了疾控大楼的建设情况和我站近几年的工作情况。视察团视察了疾控大楼和艾滋病防治工作。

       12月1日，烟台市卫生监督所的人员全部撤离市疾病预防控制中心。原烟台市卫生检疫站14人，原烟台职业病防治院5人进入市疾病预防控制中心。

       12月19日，烟台市疾病预防控制中心大楼启用暨烟台市卫生防疫站50年庆典仪式在市疾病预防控制中心隆重举行。省卫生厅副厅长刘玉芹、省疾控中心党委书记单宝德、省地方病防治研究所秦启亮、省寄生虫病防治研究所刘新、省结防中心主任林均义，市政协主席栾秉良、市人大副主任徐绵竹、副市长田明宝以及来自省直领导部门、全省各市疾控中心、市直各单位和各医疗机构的400余名来宾到场祝贺。卫生部疾控局、中国疾病预防控制中心等单位为中心的成立发来了贺词、贺电。

庆典仪式由烟台市卫生局党委书记、局长杨吉顺主持。烟台市疾病预防控制中心主要负责人张健伟同志致辞。刘玉芹副厅长代表省卫生厅在庆典仪式上发表讲话。烟台市副市长田明宝对烟台市50年的卫生防疫工作进行了回顾，并对今后的疾病预防控制工作提出了要求。

省卫生厅副厅长刘玉芹和烟台市副市长田明宝为烟台市疾病预防控制中心揭牌。省、市有关部门领导为烟台市疾控大楼的启用进行了剪彩。

       12月31日，市委组织部集体谈话，张建伟同志调市政协工作，郑俊杰同志调市疾病预防控制中心工作。

       12月，中心依据烟编办【2006】58号文件精神成立质量管理科，全科共4人，负责中心质量体系运行及运行效果的评价；样品受理及全程流转；报告的审核、签发及整理归档。

       12月，中心依据烟编办【2006】58号文件精神成立食品营养与学校卫生科，全科共6人。负责全市食品卫生技术服务、营养调查、学生保健等工作。

       12月，中心按照烟政编【2006】58号文件精神，成立结核病防制科，配备专业技术人员4人。同时设立了结核病细菌参比实验室，配备兼职实验员2名，（由卫生检验科统一管理）。

        12月，中心接管烟台北海医院原承担的全市结核病预防控制职能。