全部的感染来源尚不完全清楚。但在埃及、卡塔尔和沙特的骆驼中分离到和人类病毒株相匹配的病毒株。很多研究已经在非洲和中东的骆驼中发现病毒抗体。人和骆驼的病毒基因序列数据表明两者之间存在密切联系。可能还存在其他宿主。然而，山羊、牛、绵羊、水牛、猪和野生鸟类等动物体内到目前为止仍未检测到MERS-CoV抗体。这些研究结合起来，支持了骆驼是人类感染的可能来源的假设。